Il percorso può essere definito in cinque sezioni principali. La prima è dedicata ai periodi preistorici e protostorici. Si riferiscono al Neolitico i reperti più antichi dei rinvenimenti delle grotte di Latronico e altri siti della zona (ceramiche impresse e dipinte a fasce rosse), risalenti al VI-III millennio a.C. L'età del bronzo è ben rappresentata con il corredo della tomba megalitica di tursi appartenente probabilmente ad un capoclan, ma sopratutto con la testimonianza di rapporti con i micenei attorno al tardo Bronzo, provata da ceramiche micenee importate e di produzione locale. Il progressivo sviluppo delle popolazioni interne porterà alla formazione delle culture enotrio-italiche, che verranno riprese nell’ultima sezione del museo. La seconda sezione illustra la presenza dei greci nella zona e la seguente fondazione di Siris nel VII secolo; testimonianze di questo periodo sono  rappresentate dai reperti del tempio arcaico e dalle vicine necropoli, che dimostrano la presenza indigena insieme a quella greca locale o di importazione. Alla fondazione della nuova colonia magnogreca di Heraclea sulle ceneri di Siris, distrutta nel VI sec, è dedicata la terza sezione del percorso, che mostra i vari aspetti della vita della città dal 432 a.C., data di fondazione, alla sua romanizzazione nel III sec. a.C.; la produzione di ceramica è sempre fiorente, per la quantità di materiale rinvenuto: statuette e pinakes votive da modelli lisippici o prassitelici, maschere teatrali, una matrice a rullo per decorare a stampo i contenitori dei cortili delle case ellenistiche, interessanti discariche di fornaci con resti di vasellame deformato e matrici, mentre i santuari di Demetra e di Dioniso restituiscono grandi quantità di statuette votive, laminette bronzee, hydriai con fiaccola a croce, monete magnogreche e romane; interessante il cratere laconico a vernice nera del VI sec riutilizzato nel IV sec come contenitore di piccole hydriai votive, e poi ancora caratteristica la ceramica nera di Gnathia e i vasi apuli. In èta romana la testimonianza dei rivolgimenti del I secolo a.c. è data da importanti ritrovamenti di tesoretti di gioielli e monete. La sezione dedicata alle necropoli magnogreche espone materiale molto prezioso. Crateri, hydriai e pelikai vengono usati per i riti a incinerazione, mentre altro vasellame (skyphoi, lekythoi, lekanai), viene deposto per le inumazioni. Fra la grande varietà di materiale, si cita a titolo esemplificativo la spettacolare tomba di Policoro, risalente all 400 a.c. con moltigrandi vasi a figure rosse, tutti di eccezionale qualità opera di pittori italioti come la pelike con il ritorno delle Eraclidi del pittore delle Carnee, l'hyndria con l'uccione di Sarpedonte del pittore di Policoro. L’ultima sezione riprende le testimonianze delle culture enotrie (fino al VI sec.) e lucane (dal V sec.) della val d’Agri e del Sinni. Le popolazioni indigene degli Enotri sono ben documentate dai corredi delle necropoli  di Anglona, Chiaromonte, Tursi; più tardi sono i corredi funebri di una tomba dalle necropoli di Armento, della fine del VI secolo,  con una oinochoe rodia, coppa di bronzo, armatura con elmo corinzio e soprattutto un kantharos di bucchero che attesta il contatto con il mondo campano etrusco. Di cultura lucana, fortemente ellenizzata, è invece il materiale dal santuario di Eracle a Serra Lustrante del IV sec. (frammenti di statua di Ercole, antefisse a testa di sileno o di gorgone, strigile bronzeo) e i vasi a figure rosse di derivazione greca usati nei corredi funerari; pregevoli gli esemplari del pittore di Roccanova (anforette, skyphos e lekythos).